Une fois perdue son indépendance, l’Islande va progressivement sombrer dans une période sombre. Entre la domination politique de la Norvège, puis du Danemark, la misère grandissante, les catastrophes naturelles (éruptions volcaniques, tremblements de terre) et les grandes épidémies (la peste noire), rien n’est épargné aux Islandais. C’est la "longue nuit", dont elle n’émergera que lentement à partir du XIX^ème siècle.

En 1380, la Norvège passe sous le joug danois. L’Islande aussi. Peu de changements concrets pour les hommes du nord. En tout cas, pas dans l’immédiat.

Rapidement, les Islandais vont subir l’une des pires catastrophes de leur histoire. La peste noire, ou la "mort noire". Deux épidémies au début, et à la fin du XV^ème siècle : 1402-1404 et 1494-1495.

La peste serait arrivée à l’ouest, via Hvalfjörður, en août 1404. À Noël, l’évêché de Skálholt est touché, et la peste s’est étendue à l’ensemble du pays, du sud au nord. Environ 50% de la population islandaise meurt lors de cette première épidémie. 20% des fermes sont abandonnées.

La peste de 1494 fait moins de ravages, en premier lieu car les fjords de l’ouest sont épargnés.

Une interrogation subsiste pourtant : comment la peste est-elle arrivée en Islande ? Il n’y a pas de rats sur l’île qui auraient pu propager l’épidémie. L’Islande est d’ailleurs le seul pays a avoir été contaminé par la peste sans la présence massive de ces rongeurs.

Ces deux attaques successives ont eu malgré tout un effet positif sur la population islandaise. Les survivants ont eu plus de terre à se partager, et ont pu se rapprocher de la mer afin de pouvoir mieux exploiter la pêche. Plus à manger, donc la croissance démographique augmente. Cela a permis à l’Islande de combler le déficit dû à la Mort noire.

L’Islande avait adopté la religion catholique par la loi en l’an 1000. Elle se convertit de la même manière au luthéranisme. En 1536-37, le roi Christian III du Danemark coupe ses relations avec le Vatican et fait de la religion protestante la religion d’Etat. À cette époque, pas ou peu de protestants en Islande. Le roi laisse un peu de temps pour la conversion, avant de passer à l’offensive. Le symbole de la résistance islandaise devient alors, malgré lui, Jón Árason.

L’évêque de Hólar, au nord de l’île, est le dernier représentant de l’Eglise catholique. Les danois demandent son arrestation, mais les islandais ne font rien. Deux ans plus tard, l’évèque prend le risque de quitter son évêché pour partir à l’ouest de l’île, avec ses deux fils. Ils sont tous les trois arrêtés, puis décapités sans jugement, de peur qu’ils soient délivrés par la population.

Une peur justifiée, l’année suivante, cinquante nord-islandais massacrent une troupe danoise et le trésorier royal, et mettent à bas l’autorité du pays dans le pays un an durant.

La réforme est finalement définitivement adoptée 15 ans plus tard. Les monastères sont dissous, leurs biens reversés à la monarchie.

Aux XVII^ème et XVIII^ème siècles, l’influence et le pouvoir de la couronne danoise est à son maximum. L’Islande, elle, est au plus bas. Les marchands danois, de trois grandes cités seulement, ont le monopole sur le commerce avec l’île. Les autres nations n’ont pas le droit de commercer avec les habitants. Ceux-là même n’ont pas une liberté totale sur l'exploitation de leurs propres ressources naturelles. Le monopole est étendu par la suite à l’ensemble des commerçants danois. Mais ces restrictions restent très sévères pour le peuple islandais qui n’est pas libre de pêcher comme il le voudrait pour assurer son repas quotidien, ou de vendre ses marchandises au plus offrant.

Les procès pour sorcellerie se multiplient à cette époque. Les luthériens traquent les signes païens, et brûlent les hérétiques. De véritables chasses aux sorcières. Vingt-cinq personnes seront ainsi exécutées.

Au même moment, l’Islande subit la seule invasion de son histoire. En 1627, une bande de pirates nord-africains débarquent sur l’île, enlève 350 personnes, et en tue une cinquantaine.

Enfin, ce siècle voit le retour des grandes épidémies, et notamment la coqueluche au début du XVIII^ème. En 35 ans, un quart de la population meurt. La famine, due à de mauvaises conditions climatiques et une mauvaise pêche, tue 6.000 islandais.

L’éruption du volcan Laki, en 1783, provoque elle des dégâts immenses. L’incroyable coulée de lave est appelée le feu de Skafa, car elle longe la rivière Skafa. Les fumées toxiques tuent des milliers d’animaux de fermes, et couvrent le soleil. L’hiver suivant est particulièrement froid, c’est la famine. Des tremblements de terre détruisent 400 fermes. En tout, 10.000 personnes seront mortes dans cet enchaînement de catastrophes naturelles, soit 1/5^ème de la population.